La oscuridad se ha apoderado de la ciudad de Nueva York, ya que The Shredder y su Foot Clan maligno tienen un férreo control sobre todo, desde la policía hasta los políticos. El futuro es sombrío hasta que cuatro hermanos se levantan de las alcantarillas y descubren su destino como Las Tortugas Ninja. 

Las Tortugas tendrán que trabajar con la temeraria reportera Abril O'Neil (Megan Fox) y el bromista do camarógrafo Vern Fenwick (Will Arnett) para salvar la ciudad y descubrir el diabólico plan de de Shredder, que es el nombre que recibió este personaje en español durante la serie original y quien es el enemigo más fuerte y el que pone en apuros a Splinter y a los cuatro mutantes que gozan de la pizza y gritan “¡Kowabubga!” —algo que todavía no se sabe si se conservó en la película—.

El film fue anunciado poco antes de que el co-creador de Teenage Mutant Ninja Turtles original Peter Laird vendiera los derechos de la franquicia a Nickelodeon en 2009.