Con base en un antecedente de la elección de 2016, el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación (TEPJF) determinó la inaplicación del requisito de renuncia a la militancia partidista un año antes de la elección, y del criterio de territorialidad  para recabar las firmas de apoyo ciudadano, para Enrique Cárdenas Sánchez, aspirante a candidato independiente a la gubernatura.

En la sesión pública que celebró la Sala Superior del TEPJF, los magistrados atendieron el juicio para la  protección a los derechos políticos electorales SUP-JDC-1163/2015 que Cárdenas Sánchez promovió tras la negativa del Tribunal Electoral del Estado de Puebla (TEEP) a considerar desproporcionales los requisitos de la convocatoria para los aspirantes a candidatos independientes.

En su análisis, el magistrado Felipe Alfredo Fuentes Barrera advirtió que en 2016, ese mismo órgano jurisdiccional dictó una sentencia al juicio SUP-JDC-705/2016 en la que se calificó como desproporcionales a los artículos 201 Bis fracción I y 201 Quater inciso a, en los que se establece la exigencia de renuncia a la militancia 12 meses antes de la jornada electoral y el criterio de territorialidad del apoyo ciudadano, lo que implica que éste debe distribuirse en dos terceras partes del total de los municipios, (144 de los 217 ayuntamientos).

El antecedente referido por el magistrado Fuentes Barrera es la impugnación que Ana Teresa Aranda Orozco, ex candidata independiente a la gubernatura de Puebla, promovió en marzo 2016 con el fin de echar abajo los candados que el Congreso del Estado impuso a dicha figura.

En la discusión sostenida por los magistrados, se precisó que en lo referente al artículo 201 Bis fracción I, que no permite a dirigentes, militantes y afiliados aspirar a una candidatura independiente, no puede  juzgarse de la misma manera a las dos últimas figuras frente a los líderes partidistas, quienes disponen de una estructura.

En su participación, la presidenta de la Sala Superior del TEPJF, Janine Otálora Malassis expuso que si bien el ex rector de la UDLAP no presentó pruebas de parte de algún partido político, en la revisión que se hizo de los padrones que los partidos políticos reportan ante el Instituto Nacional Electoral (INE), su nombre apareció en el listado de afiliados del Movimiento de Regeneración Nacional (Morena).

En agosto de 2017, el académico reveló  que Andrés Manuel López Obrador, fundador de Morena, lo invitó a participar en el proceso interno de Morena para la designación del  Coordinador de Organización Electoral Estatal, cargo que perdió frente al senador Luis Miguel Barbosa Huerta.

En ese momento, Cárdenas Sánchez aseguró que no se afiliaría al partido de izquierda y que su inclusión en el proceso interno se daba bajo la figura de externo.

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