Las instituciones de educación superior ubicadas en Puebla cuentan con 269 programas académicos reconocidos por el Consejo para la Acreditación de la Educación Superior (Copaes). 

Del total de programas acreditados publicados por el organismo certificador nacional avalado por la Secretaría de Educación Pública (SEP) federal, en Puebla la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP) encabeza la lista con 49 programas reconocidos por su calidad académica.

En la lista de programas de licenciatura acreditados por Copaes se encuentran las Licenciaturas en Contaduría, Comunicación, Diseño Urbano Ambiental, Historia, Agrohidráulica, Licenciatura en Lenguas Modernas, Estomatología, Cultura Física, e ingenierías en Geofísica y Textil, entre otros programas académicos.

Entre las instituciones privadas con reconocimientos del organismo certificador aparecen la Universidad de las Américas Puebla (Udlap), institución que cuenta con 40 programas certificados por su calidad,  y  la Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla (Upaep), con 29.

La lista continúa con la Universidad Iberoamericana Puebla, con 19 licenciaturas y programas de nivel superior reconocidos; luego aparece el Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey (ITESM) en Puebla, con 18; la Universidad del Valle de México, con ocho; el Instituto de Ciencias Jurídicas de Puebla, con la licenciatura en Ciencias Políticas y Administración Pública;  el Instituto Culinario de México, con su licenciatura en Gastronomía; y la Universidad Anáhuac Puebla, con su licenciatura en Comunicación.

De acuerdo con Copaes, uno de los principales problemas en el sistema de acreditación de programas son las variantes de las diferentes carreras que ofrecen las instituciones de educación superior.