Cargándolo conectado a un puerto USB: Por ejemplo, al cargar la batería por USB se produce una carga más lenta (el USB proporciona menos intensidad de corriente eléctrica-amperaje), causando que la batería dure más en el tiempo, es decir, se mantenga mejor con el paso de los ciclos de carga.

Como contraposición, hacemos que el ciclo de carga que se ejecutará justo después de desconectar el terminal sea menos efectivo, aunque en porcentaje es muy variable, he notado diferencias de una hora menos en un Lumia 800. Por esto suelo dejar el teléfono conectado al PC por la noche, ya que, en mi caso, con un Asus Zenbook UX-31E, el USB me da unos 220mA de carga sin estar activada la opción de carga rápida del PC.
 

En resumen: cargarlo por USB es más lento, pero hará que nuestra batería se mantenga mejor en el tiempo.

Cargándolo conectado a la instalación eléctrica

Como contraposición al USB, este método es más rápido, pero puede tener un mayor efecto en las baterías de nuestros dispositivos. Dependiendo del adaptador que tengas, bien puede dar una salida de 500mA subiendo hasta los 2100mA, como es el caso del iPhone (y de ello hicieron gala con su carga rápida). En la actualidad puedes conectar cualquier teléfono a cualquier USB y en el peor de los casos lo que tendrás es un poco de calor en la batería y una carga más rápida.

El efecto sobre la batería, por tanto, será que el ciclo de carga que empezará nada más desconectarlo tendrá un poco más de duración (es decir, durará más la batería), pero, como contrapartida, con el paso del tiempo veremos un decremento en la efectividad de la batería para mantener a nuestro teléfono despierto.

Conclusión
Para usuarios preocupados por la vida útil de la batería o con una fuente de alimentación cercana en el día a día o sin un uso intensivo prolongado a lo largo del día, el USB puede ser una opción mucho mejor para conservar la batería a lo largo del tiempo, aunque cabe mencionar que con el ritmo actual de cambio de nuestros smartphones algunos no lo notaremos.

Para viajes, prisas, días largos o los que no queremos depender de un cable, la mejor opción es conectarlo a un enchufe de pared.